影响癫痫预后的因素多种多样，包括起病年龄、病因、病程、发作频率、发作类型、有否神经精神缺陷、脑电图情况及家族史，通常在1岁以内发病，有脑炎、颅脑外伤、脑卒中、及围生期损伤病史，并合并精神发育迟滞，神经系统缺陷，脑电图高度异常及有癫痫家族史或热性惊厥史，均提示预后较差。目前抗癫痫药仅控制癫痫发作，对疾病的预后影响不大，当然随着科学技术的发展，新型抗癫痫药的问世及癫痫外科治疗的进展，癫痫预后也将发生根本性的变化。

依据对抗癫痫药的反应，癫痫综合征的预后可分为很好、较好、不确定、不好，除非出现应用新的抗癫痫药、外科手术治疗或者损害加重，一般来说这四种预后是固定不变的。

预后很好的癫痫综合征：大约占20-30%，多属于自限性疾病，可自行缓解，不一定药物治疗，包括新生儿发作、儿童良性部分性发作、婴儿良性肌阵挛及一些特殊原因促发的癫痫综合征。

预后较好的癫痫综合征：约占30-40%，其发作一般短期存在，抗癫痫药容易控制，一旦缓解将是持续的、的，抗癫痫药可成功撤药。包括儿童失神癫痫、觉醒时全身强直-阵挛发作、无神经病症的全身强直-阵挛发作和隐源性或症状性的癫痫。

预后不确切的癫痫综合征：约占10-20%，癫痫发作倾向，抗癫痫药可抑制发作，癫痫发作可缓解，但停药后易复发，往往需要终身口服药物治疗，包括青少年肌阵挛、多数与局灶部位相关的癫痫。

预后不好的癫痫综合征：约占20%，抗癫痫药仅能减轻发作而不能抑制发作。该类综合征包括先天性神经功能缺陷有关疾病（结节性硬化、Sturge-Weber综合征、脑瘫、畸形等）、持续性癫痫发作、进行性肌阵挛癫痫、婴儿痉挛、LG综合征及以失张力/强直发作为特征的综合征、有结构损伤的部位相关性发作、一些与局灶部位相关的隐源性癫痫。